Основана в 1895 году  как  восьмилетняя.

 В 1983 г. реорганизована  в Багаевскую среднюю общеобразовательную школу № 3.

С 1997 года действует как Муниципальное общеобразовательное учреждение.

С 2011 года МБОУ Багаевская СОШ №3 (МУНИЦИПАЛЬНОЕ БЮДЖЕТНОЕ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ БАГАЕВСКАЯ СРЕДНЯЯ ОБЩЕОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ  ШКОЛА №3)(приказ МОУ Багаевской СОШ №3 от 08.12.2011 года № 427)

 В 2002 году  школа получила статус «Казачье ОУ» в соответствии с приказом № 1069 «О присвоении областного статуса «Казачье»»  МО ПО РО и войскового казачьего общества «Всевеликое войско Донское».

 С 2004 г пилотная площадка по введению государственных стандартов общего образования и федерального базисного учебного плана.

С 2008 победитель ПНПО в конкурсе школ, реализующих инновационные программы •

Обладатель миллионного гранта

Областная пилотная площадка по профилактике детского дорожно-транспортного травматизма

С 2007 года реализует ФГОС

С 2012 года —пилотная площадка реализации областного проекта по здоровьесбережению. Приказ Отдела образования Администрации Багаевского района РО №658 от 16.08.2012

С 2011 года участник региональной конференции Образованне. Карьера. Бизнес.

В 2012 году внесена в Национальный Реестр ведущих образовательных учреждений РФ (www.leading-education.ru)

В 2012 году одаренные учащиеся включены в Энциклопедию детских достижений РО

В 2014 году зарегистрирован (музей) "Областной экологический центр учащихся"(Протокол №153 от 12.08.2014)

В 2016 году школа внесена в Федеральный электронный Реестр «Доска почета России»

В 2017 году Лауреат – Победитель Открытого публичного Всероссийского смотра – конкурса образовательных организаций

В 2018 году - Победитель Всероссийского публичного смотра среди образовательных организаций "Творчески работающие коллективы школ, гимназий, лицеев России"